感覺統合訓練是自閉癥兒童 感官訓練的重要內容，但是目前國內的感覺統合訓練還存在很多問題和缺陷。
1.訓練難以兼顧各個程度的兒童。孤獨癥作為一種譜系障礙，個體差異較大，每個孤獨癥兒童都有其獨特的行為表現。有的兒童平衡能力較差，不能跨障礙設施，不敢走平衡木等，而有的兒童協調能力很好，幾乎能完成每項活動。隨著時間的推移這些協調能力好的兒童，在感統室對各項器材都能較靈活應用，因而易產生厭倦情緒，上課時間只是隨意根據個人喜好玩一種或幾種器材，感覺統合訓練對他們來說沒能起到有針對性地改善其某方面功能不足、或通過訓練延伸提高兒童的其他方面能力的實質性作用。
2.訓練缺乏統一性和規范性，動作準確度不夠及練習次數不穩定。感覺統合訓練不似書本教育，基本沒有統一的訓練綱要和一致的目標要求，由于各種原因，許多教師也顧及不到兒童在活動中的動作是否規范，訓練程度是否達到要求等問題。有時因為兒童的情緒異?；蚱渌蚨雎詣幼鞯臏蚀_性和訓練次數。例如跳床一項、，只是機械地通過跳躍次數認定結果，有時又根據兒童的情緒或愛好少做或多做，很少考慮兒童的接受程度、厭倦程度以及動作的規范性等。
3.訓練中缺乏小組互動和游戲環節。與一般兒童不同，孤獨癥兒童對外界不感興趣，他們更喜歡沉浸在個人世界里獨自從事一項活動。尤其在感覺統合訓練室里，兒童面對的多是游戲設施，在活動過程中大部分時間是自己完成一項活動或任務，缺乏與他人的交流互動。
4.訓練內容和形式有待創新，訓練器材有待開發。感覺統合訓練是由訓練者依據一定的訓練目的，使用一定的器材，指導訓練對象進行的一種游戲活動。因此訓練活動的趣味性對于吸引兒童注意力非常重要，而訓練內容和器材恰恰是實現活動有趣、生動的關鍵。但是，目前感覺統合訓練內容單一，器材種類遠遠不能滿足訓練需要，器材重復單調地使用又使得兒童的興趣明顯降低。另外，教師對各種器材的功用缺乏全面深入了解，只是局限于某一方面功能的應用。
5.家庭缺少對兒童的配合訓練。教師在訓練過程中只注意矯正兒童體能、動作、行為等方面的問題，卻忽視了與家長配合、指導家長在家中應用相關器材對兒童做進一步訓練，家長自身也很少再主動對兒童進行隨機訓練。
